Isvari Puri nasceu numa família de brahmanas e era o discípulo mais querido de Srila Madhavendra Puri. Na parte final do Sri Caitanya-caritamrta (Antya 8.28-31), está dito:
"No final de sua vida Sri Madhavendra Puri ficou muito doente e completamente incapaz de se mover, então Isvara Puri se engajou por completo em serviço a seu Guru e até mesmo o limpava depois de suas necessidades. Sempre cantando o Hare Krsna maha-mantra e relembrando a Sri Madhavendra Puri dos passatempos do Senhor Krsna em seus últimos momentos de vida. Isvara Puri foi o melhor servo dentre os discípulos dele. Por isso Madhavendra Puri, estando muito satisfeito com ele, o abençoou dizendo, 'Meu menino querido, eu posso apenas orar a Krsna que ele fique satisfeito com você'. Assim Isvara Puri, pela graça de seu mestre espiritual se tornou um grande devoto no oceano de amor a Deus."
Um Vaisnava é sempre protegido pela Suprema Personalidade de Deus, mas se ele aparenta estar doente, isso é uma chance dada ao seu discípulo para servi-lo. Isvara Puri satisfez seu mestre espiritual com seu serviço, e pelas bênçãos dele ele se tornou uma personalidade tão elevada que o Senhor Caitanya Mahaprabhu o aceitou como Seu mestre espiritual.
Srila Isvara Puri foi o guru de Sri Caitanya Mahaprabhu, mas antes de iniciar o Senhor Caitanya ele foi a Navadvipa e residiu lá por alguns meses na casa de Gopinatha Acarya. Naquela época o Senhor Caitanya o conheceu, e é dito que ele serviu Sri Caitanya Mahaprabhu recitando seu livro, Krsna-lilamrta.